為深入實(shí)施創(chuàng)新驅(qū)動(dòng)發(fā)展戰(zhàn)略，加快建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心，根據(jù)《上海市建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心“十四五”規(guī)劃》《上海市計(jì)算生物學(xué)創(chuàng)新發(fā)展行動(dòng)計(jì)劃（2023-2025年）》，上海市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)發(fā)布2024年度“科技創(chuàng)新行動(dòng)計(jì)劃”計(jì)算生物學(xué)領(lǐng)域項(xiàng)目申報(bào)指南。
一、征集范圍
專題一、生物大數(shù)據(jù)共性算法
方向1：個(gè)體化基因表達(dá)調(diào)控元件功能解析算法
研究目標(biāo)：開發(fā)解析基因表達(dá)和調(diào)控元件活性的算法，實(shí)現(xiàn)等位基因特異性調(diào)控元件的功能預(yù)測(cè)，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容：開發(fā)基于個(gè)體基因組的基因表達(dá)及調(diào)控元件活性定量解析算法，揭示人類基因組中等位基因表達(dá)及其調(diào)控的細(xì)胞和組織特異性機(jī)制；開發(fā)精準(zhǔn)預(yù)測(cè)跨細(xì)胞和組織類型的等位基因特異性調(diào)控元件的計(jì)算模型，解析在神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育和復(fù)雜疾病發(fā)生發(fā)展過程中的作用機(jī)制。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
方向2：細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的智能化解析算法
研究目標(biāo)：開發(fā)解析細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的智能化分析算法，解析細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)對(duì)細(xì)胞命運(yùn)決定和表觀遺傳重塑的影響機(jī)制，性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容：開發(fā)解析細(xì)胞微環(huán)境調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的智能化分析算法，精準(zhǔn)解析胚胎發(fā)育、癌癥發(fā)生等過程中細(xì)胞微環(huán)境多模態(tài)生物學(xué)特征間的相互關(guān)系，包括但不限于功能細(xì)胞組分、表觀遺傳景觀、生物分子流等特征解析，并鑒定出與細(xì)胞命運(yùn)決定和表觀遺傳重塑密切關(guān)聯(lián)的重要細(xì)胞微環(huán)境特征。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
方向3：復(fù)雜表型的遺傳與環(huán)境因素解析算法
研究目標(biāo)：開發(fā)外部暴露與內(nèi)部多模態(tài)表型之間的解析算法，闡明關(guān)鍵遺傳和環(huán)境因素對(duì)復(fù)雜表型的影響機(jī)制，預(yù)測(cè)性能相比國際主流算法提升10%以上。
研究內(nèi)容：整合基因組、環(huán)境暴露組、微觀表型和宏觀復(fù)雜表型等數(shù)據(jù)，建立集基因定位解析、因果關(guān)系推斷等功能的網(wǎng)絡(luò)模型；開發(fā)影響人體細(xì)胞、分子等表型的遺傳和環(huán)境因素解析算法，系統(tǒng)解析外部暴露與內(nèi)部多模態(tài)表型之間的相互作用。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
方向4：生物神經(jīng)元信息整合數(shù)學(xué)理論
研究目標(biāo)：發(fā)展生物神經(jīng)元整合信息的數(shù)學(xué)理論，建立新型類腦網(wǎng)絡(luò)模型，實(shí)現(xiàn)1個(gè)量級(jí)以上參數(shù)量的優(yōu)化，精度相比國際主流算法提升5%以上。
研究內(nèi)容：開發(fā)能夠解析真實(shí)生物神經(jīng)元工作機(jī)制的數(shù)學(xué)理論分析框架，建立具有神經(jīng)元樹突計(jì)算功能的新型脈沖神經(jīng)元模型；發(fā)展神經(jīng)元異構(gòu)連接下的網(wǎng)絡(luò)動(dòng)力學(xué)編碼數(shù)學(xué)理論，開發(fā)新型類腦神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)以及動(dòng)力學(xué)演化算法，并在經(jīng)典圖像（動(dòng)態(tài)）識(shí)別、恢復(fù)及分類等基準(zhǔn)問題上進(jìn)行驗(yàn)證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
專題二、蛋白質(zhì)與核酸設(shè)計(jì)改造
方向1：蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與設(shè)計(jì)
研究目標(biāo)：開發(fā)低分辨率數(shù)據(jù)計(jì)算方法，提高蛋白質(zhì)分子動(dòng)力學(xué)模擬效率，實(shí)現(xiàn)天然無規(guī)蛋白的動(dòng)態(tài)構(gòu)象預(yù)測(cè)并指導(dǎo)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)。
研究內(nèi)容：基于晶體衍射或冷凍電鏡等實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，開發(fā)提高結(jié)構(gòu)解析分辨率的計(jì)算方法，從低分辨率實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析提取大分子結(jié)構(gòu)動(dòng)態(tài)分布信息；發(fā)展生物大分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的柔性建模算法，建立蛋白質(zhì)分子動(dòng)力學(xué)模型；實(shí)現(xiàn)對(duì)大規(guī)模天然無規(guī)蛋白動(dòng)態(tài)構(gòu)象的系統(tǒng)預(yù)測(cè)，并指導(dǎo)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
方向2：核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和設(shè)計(jì)優(yōu)化
研究目標(biāo)：建立自主可控的核酸大語言模型，提升核酸結(jié)構(gòu)與功能的預(yù)測(cè)精度，核酸設(shè)計(jì)優(yōu)化性能相比國際同期最高水平提升5%以上。
研究內(nèi)容：基于大量核酸序列訓(xùn)練數(shù)據(jù)，開發(fā)自主可控的通用核酸序列語言模型，精準(zhǔn)預(yù)測(cè)核酸結(jié)構(gòu)、甲基化修飾、可變剪切等事件，實(shí)現(xiàn)RNA病毒演化趨勢(shì)的預(yù)測(cè)，以及更高蛋白表達(dá)效率核酸序列的設(shè)計(jì)優(yōu)化。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過200萬元。
專題三、AI藥物設(shè)計(jì)
方向1：疾病靶標(biāo)可干預(yù)變構(gòu)位點(diǎn)的識(shí)別方法開發(fā)與驗(yàn)證
研究目標(biāo)：開發(fā)可干預(yù)變構(gòu)位點(diǎn)識(shí)別的新方法，構(gòu)建達(dá)到國際先進(jìn)水平的變構(gòu)藥物設(shè)計(jì)系統(tǒng)，發(fā)現(xiàn)2個(gè)以上候選小分子藥物，獲得動(dòng)物水平有效性評(píng)價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容：構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)化變構(gòu)位點(diǎn)數(shù)據(jù)集，采用并優(yōu)化增強(qiáng)采樣、特征生成、功能評(píng)價(jià)等智能算法，識(shí)別靶標(biāo)中可滿足疾病干預(yù)需求的變構(gòu)新位點(diǎn)；建立變構(gòu)藥物設(shè)計(jì)系統(tǒng)，篩選腫瘤等疾病的候選小分子藥物并進(jìn)行有效性驗(yàn)證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
申報(bào)主體要求：本市企業(yè)。
方向2：藥物分子精準(zhǔn)生成方法開發(fā)與驗(yàn)證
研究目標(biāo)：開發(fā)分子三維構(gòu)象生成模型和分子原位生成方法，完成候選藥物分子生成和驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)2個(gè)以上候選小分子藥物，獲得動(dòng)物水平有效性評(píng)價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容：基于分子圖數(shù)據(jù)增強(qiáng)技術(shù)和生成式算法，建立精準(zhǔn)的分子三維構(gòu)象生成模型，開發(fā)片段分子表征方法和基于靶標(biāo)結(jié)構(gòu)的原位生成方法，實(shí)現(xiàn)多元分子的從頭生成和結(jié)構(gòu)優(yōu)化，獲得高成藥性候選分子并進(jìn)行有效性驗(yàn)證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
申報(bào)主體要求：本市企業(yè)。
方向3：抗體藥物設(shè)計(jì)方法開發(fā)與驗(yàn)證
研究目標(biāo)：開發(fā)抗體藥物的虛擬篩選與設(shè)計(jì)優(yōu)化技術(shù)，實(shí)現(xiàn)抗體藥物的快速高效發(fā)現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)2個(gè)以上候選抗體藥物，獲得動(dòng)物水平有效性評(píng)價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容：解析構(gòu)象表位與抗體特異識(shí)別機(jī)制，建立生成式人工智能模型，實(shí)現(xiàn)大規(guī)?？贵w序列庫高效虛擬篩選；開發(fā)抗體藥物的表位組合、免疫原性優(yōu)化和毒副作用改造等成藥性技術(shù)，實(shí)現(xiàn)腫瘤、自身免疫等高發(fā)疾病抗體藥物的篩選和設(shè)計(jì)優(yōu)化并進(jìn)行有效性驗(yàn)證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
申報(bào)主體要求：本市企業(yè)。
方向4：類抗菌肽藥物設(shè)計(jì)方法開發(fā)與驗(yàn)證
研究目標(biāo)：建立類抗菌肽藥物的抗菌活性預(yù)測(cè)與結(jié)構(gòu)智能設(shè)計(jì)模型，開發(fā)2個(gè)以上高效耐藥細(xì)菌或真菌類的類抗菌肽，獲得動(dòng)物水平有效性評(píng)價(jià)報(bào)告。
研究內(nèi)容：開發(fā)大分子通用表征技術(shù)，建立類抗菌肽藥物的活性預(yù)測(cè)模型，實(shí)現(xiàn)構(gòu)效關(guān)系的深入分析與精準(zhǔn)預(yù)測(cè)；開發(fā)跨骨架的類抗菌肽生成模型，設(shè)計(jì)具有高效廣譜抗菌活性的類抗菌肽并進(jìn)行有效性驗(yàn)證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
申報(bào)主體要求：本市企業(yè)。
專題四、計(jì)算生物學(xué)在臨床重大疾病精準(zhǔn)診療中的應(yīng)用
方向1：疾病多組學(xué)測(cè)量數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化處理
研究目標(biāo)：開發(fā)批次效應(yīng)校正等組學(xué)數(shù)據(jù)處理的標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)，實(shí)現(xiàn)腫瘤等重大疾病亞型的精準(zhǔn)識(shí)別并完成性能驗(yàn)證。
研究內(nèi)容：開發(fā)標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)整合、批次效應(yīng)校正等技術(shù)，提升疾病隊(duì)列多組學(xué)數(shù)據(jù)的質(zhì)量；基于疾病多組學(xué)數(shù)據(jù)開發(fā)疾病的精準(zhǔn)分型算法，識(shí)別腫瘤等重大疾病的分子亞型并實(shí)現(xiàn)臨床應(yīng)用。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
方向2：基于醫(yī)療多模態(tài)數(shù)據(jù)的知識(shí)推理
研究目標(biāo)：建立覆蓋全科核心知識(shí)的醫(yī)療大模型，基于多種重大疾病多模態(tài)數(shù)據(jù)集的訓(xùn)練學(xué)習(xí)，實(shí)現(xiàn)2種以上重大疾病的協(xié)同會(huì)診。
研究內(nèi)容：采用知識(shí)推理、統(tǒng)計(jì)分析、動(dòng)力學(xué)建模等方法，融合多維組學(xué)、臨床信息等多模態(tài)醫(yī)療數(shù)據(jù)，構(gòu)建醫(yī)療大模型，并在2種以上重大疾病的協(xié)同會(huì)診和個(gè)體化精準(zhǔn)治療等應(yīng)用場(chǎng)景進(jìn)行應(yīng)用驗(yàn)證。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
方向3：基于泛基因組學(xué)的腫瘤精準(zhǔn)診療分析
研究目標(biāo)：開發(fā)腫瘤泛基因組構(gòu)建技術(shù)，建立我國高發(fā)癌癥的泛基因組，精準(zhǔn)識(shí)別癌癥診療標(biāo)志物，識(shí)別準(zhǔn)確性高于現(xiàn)有通用檢測(cè)方法。
研究內(nèi)容：開發(fā)具有良好可擴(kuò)展性的腫瘤泛基因組構(gòu)建技術(shù)，建立我國高發(fā)癌癥的泛基因組；基于泛基因組開發(fā)癌癥變異識(shí)別、分析及圖形化展示系統(tǒng)，精準(zhǔn)發(fā)現(xiàn)我國高發(fā)癌癥的臨床診療標(biāo)志物。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
方向4：重性精神疾病精準(zhǔn)早期預(yù)警
研究目標(biāo)：開發(fā)重性精神疾病多組學(xué)數(shù)據(jù)與環(huán)境因素交互作用的分析系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)對(duì)精神分裂癥等重性精神疾病患者的早期預(yù)警。
研究內(nèi)容：基于重性精神疾病大樣本多組學(xué)資源平臺(tái)，開發(fā)基因組結(jié)構(gòu)變異、轉(zhuǎn)錄組剪切變異、表觀修飾變異等數(shù)據(jù)分析算法，結(jié)合全基因組關(guān)聯(lián)技術(shù)及回顧性環(huán)境因素?cái)?shù)據(jù)，建立精神分裂癥等重性精神疾病早期預(yù)警系統(tǒng)，為臨床早期干預(yù)提供支撐。
執(zhí)行期限：2024年12月1日至2027年11月30日。
經(jīng)費(fèi)額度：非定額資助，擬支持不超過1個(gè)項(xiàng)目，每項(xiàng)資助額度不超過300萬元。
二、申報(bào)要求
除滿足前述相應(yīng)條件外，還須遵循以下要求：
1.項(xiàng)目申報(bào)單位應(yīng)當(dāng)是注冊(cè)在本市的法人或非法人組織，具有組織項(xiàng)目實(shí)施的相應(yīng)能力。
2.對(duì)于申請(qǐng)人在以往市級(jí)財(cái)政資金或其他機(jī)構(gòu)（如科技部、國家自然科學(xué)基金等）資助項(xiàng)目基礎(chǔ)上提出的新項(xiàng)目，應(yīng)明確闡述二者的異同、繼承與發(fā)展關(guān)系。
3.所有申報(bào)單位和項(xiàng)目參與人應(yīng)遵守科研誠信管理要求，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人應(yīng)承諾所提交材料真實(shí)性，申報(bào)單位應(yīng)當(dāng)對(duì)申請(qǐng)人的申請(qǐng)資格負(fù)責(zé)，并對(duì)申請(qǐng)材料的真實(shí)性和完整性進(jìn)行審核，不得提交有涉密內(nèi)容的項(xiàng)目申請(qǐng)。
4.申報(bào)項(xiàng)目若提出回避專家申請(qǐng)的，須在提交項(xiàng)目可行性方案的同時(shí)，上傳由申報(bào)單位出具公函提出回避專家名單與理由。
5.所有申報(bào)單位和項(xiàng)目參與人應(yīng)遵守科技倫理準(zhǔn)則。擬開展的科技活動(dòng)應(yīng)進(jìn)行科技倫理風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，涉及科技部《科技倫理審查辦法（試行）》（國科發(fā)監(jiān)〔2023〕167號(hào)）第二條所列范圍科技活動(dòng)的，應(yīng)按要求進(jìn)行科技倫理審查并提供相應(yīng)的科技倫理審查批準(zhǔn)材料。
6.已作為項(xiàng)目負(fù)責(zé)人承擔(dān)市科委科技計(jì)劃在研項(xiàng)目2項(xiàng)及以上者，不得作為項(xiàng)目負(fù)責(zé)人申報(bào)。
7.項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)預(yù)算編制應(yīng)當(dāng)真實(shí)、合理，符合市科委科技計(jì)劃項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)管理的有關(guān)要求。
8.每位項(xiàng)目負(fù)責(zé)人申報(bào)項(xiàng)目不超過1項(xiàng)。
9.鼓勵(lì)項(xiàng)目產(chǎn)生的代碼提交到GitHub等學(xué)術(shù)社區(qū)共享。
三、申報(bào)方式
1.項(xiàng)目申報(bào)采用網(wǎng)上申報(bào)方式，無需送交紙質(zhì)材料。申請(qǐng)人通過“中國上海”門戶網(wǎng)站（http://www.sh.gov.cn）--政務(wù)服務(wù)--點(diǎn)擊“上海市財(cái)政科技投入信息管理平臺(tái)”進(jìn)入申報(bào)頁面，或者直接通過域名https://czkj.sheic.org.cn/進(jìn)入申報(bào)頁面：
【初次填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄（如尚未注冊(cè)賬號(hào)，請(qǐng)先轉(zhuǎn)入“一網(wǎng)通辦”注冊(cè)賬號(hào)頁面完成注冊(cè)），進(jìn)入申報(bào)指南頁面，點(diǎn)擊相應(yīng)的指南專題，進(jìn)行項(xiàng)目申報(bào)；
【繼續(xù)填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄后，繼續(xù)該項(xiàng)目的填報(bào)。
有關(guān)操作可參閱在線幫助。
2.項(xiàng)目網(wǎng)上填報(bào)起始時(shí)間為9月26日9:00，請(qǐng)擬申請(qǐng)者在10月16日前完成提交
四、評(píng)審方式
采用第一輪通訊評(píng)審、第二輪見面會(huì)評(píng)審方式。
五、咨詢電話
服務(wù)熱線：8008205114（座機(jī)）、4008205114（手機(jī)）
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