各科室、各位專家：
為深入實施創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展戰(zhàn)略，加快建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心，推動形成具有上海特色的計算生物學(xué)研發(fā)體系，根據(jù)《上海市建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心“十四五”規(guī)劃》《上海市計算生物學(xué)創(chuàng)新發(fā)展行動計劃（2023-2025年）》，上海市科學(xué)技術(shù)委員會特發(fā)布2023年度計算生物學(xué)重點專項申報指南。
一、征集范圍
專題一、生物大數(shù)據(jù)共性算法
方向1：單細(xì)胞多組學(xué)整合計算方法
研究目標(biāo)：面向配對和非配對單細(xì)胞多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)，發(fā)展2種以上組學(xué)數(shù)據(jù)對齊及下游分析算法，性能相比國際主流算法提升10%以上?！ ?/p>
研究內(nèi)容：建立面向配對及非配對場景下的的單細(xì)胞多組學(xué)整合AI計算框架，開發(fā)多模態(tài)整合場景下的單細(xì)胞多組學(xué)下游應(yīng)用AI算法，實現(xiàn)單細(xì)胞去噪、聚類分析、多數(shù)據(jù)集整合、去批次效應(yīng)、細(xì)胞類型識別、軌跡分析、細(xì)胞通訊，以及跨模態(tài)生成分析等?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向2：單細(xì)胞譜系追蹤計算方法
研究目標(biāo)：發(fā)展多模態(tài)數(shù)據(jù)整合的單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組譜系追蹤算法，準(zhǔn)確度比國際主流算法提升5%以上。
研究內(nèi)容：針對靜態(tài)條形碼和基于CRISPR的動態(tài)條形碼標(biāo)記，建立單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組整合標(biāo)記條形碼的譜系追蹤計算方法，實現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析、條形碼序列去噪、條形碼進(jìn)化樹分析、細(xì)胞譜系進(jìn)化樹、細(xì)胞譜系發(fā)育圖譜、譜系條形碼與空間坐標(biāo)多模態(tài)整合的空間轉(zhuǎn)錄組單細(xì)胞追蹤算法等?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向3：樣本特異網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物方法
研究目標(biāo)：開發(fā)國際領(lǐng)先的樣本特異網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物算法，復(fù)雜生物學(xué)過程預(yù)測準(zhǔn)確性和敏感性比國際最高水平提高至少5%，復(fù)雜疾病早診準(zhǔn)確率比國際最高水平提高至少10%。
研究內(nèi)容：開發(fā)樣本特異性的網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物算法，從而實現(xiàn)基于網(wǎng)絡(luò)對于發(fā)育、疾病等復(fù)雜生物學(xué)過程的準(zhǔn)確和魯棒的預(yù)測。針對復(fù)雜疾病，開發(fā)樣本特異性的動態(tài)網(wǎng)絡(luò)標(biāo)志物，從而實現(xiàn)基于動態(tài)網(wǎng)絡(luò)對于復(fù)雜疾病的早期預(yù)警信號準(zhǔn)確標(biāo)識與預(yù)測?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向4：轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)模型
研究目標(biāo)：建立國際領(lǐng)先的解碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的預(yù)訓(xùn)練大模型，完成2個以上模型泛化任務(wù)，性能相比國際主流算法提升10%以上?！ ?/p>
研究內(nèi)容：整合多模態(tài)高通量表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建解碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的預(yù)訓(xùn)練大模型。根據(jù)不同應(yīng)用場景泛化預(yù)訓(xùn)練大模型，解決生物學(xué)核心問題，包括但不限于預(yù)測細(xì)胞命運走向、鑒定細(xì)胞命運決定和疾病發(fā)生發(fā)展過程中的關(guān)鍵基因和調(diào)控因子?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向5：RNA轉(zhuǎn)錄后加工調(diào)控網(wǎng)絡(luò)解析方法
研究目標(biāo)：建立模塊化可拓展的RNA轉(zhuǎn)錄后加工智能分析平臺，發(fā)展RNA轉(zhuǎn)錄后加工調(diào)控網(wǎng)絡(luò)解析和功能預(yù)測模型，性能比國際主流算法提升10%以上?！ ?/p>
研究內(nèi)容：建立RNA轉(zhuǎn)錄后調(diào)控解析方法，系統(tǒng)解構(gòu)RNA轉(zhuǎn)錄后加工多樣性及其調(diào)控特征，包括但不限于RNA編輯、修飾、剪接、加尾和二級/三級結(jié)構(gòu)的時空變化及相互協(xié)作，構(gòu)建RNA轉(zhuǎn)錄后加工調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和生物學(xué)功能預(yù)測模型，解析其在全局生命代謝進(jìn)程中的功能和機制。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向6：細(xì)胞器分辨率的細(xì)胞互作網(wǎng)絡(luò)模型
研究目標(biāo)：發(fā)展高分辨率的細(xì)胞互作網(wǎng)絡(luò)模型，細(xì)胞與環(huán)境、細(xì)胞間及細(xì)胞器間互作的預(yù)測性能比國際主流算法提升10%以上?！ ?/p>
研究內(nèi)容：通過高維度、多模態(tài)、亞細(xì)胞分辨率的空間多組學(xué)數(shù)據(jù)整合，構(gòu)建細(xì)胞與環(huán)境、細(xì)胞間及細(xì)胞器間互作動態(tài)網(wǎng)絡(luò)；開發(fā)預(yù)測細(xì)胞與環(huán)境、細(xì)胞間及細(xì)胞器間互作的人工智能新模型，刻畫互作的普適規(guī)律及其生物學(xué)作用，解析互作與人類疾病的內(nèi)在關(guān)聯(lián)。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向7：病原微生物時空變異演化網(wǎng)絡(luò)模型
研究目標(biāo)：發(fā)展病原微生物基因變異大模型，解析千萬量級病毒、十萬量級細(xì)菌全基因組演化網(wǎng)絡(luò)，揭示變異毒性及傳播風(fēng)險，性能比國際主流算法提升10%以上?！ ?/p>
研究內(nèi)容：設(shè)計病原微生物全基因組尺度的序列變異快速比對方法，研發(fā)微生物全基因組的變異特征自動提取方法，發(fā)展位點變異演化網(wǎng)絡(luò)快速構(gòu)建算法，整合時空信息識別關(guān)鍵演化路徑；構(gòu)建致病相關(guān)風(fēng)險基因及位點大模型，解析病原微生物變異位點的耐藥風(fēng)險及傳播特征?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
專題二、蛋白質(zhì)與核酸設(shè)計改造
方向1：蛋白質(zhì)與核酸靜態(tài)結(jié)構(gòu)預(yù)測
研究目標(biāo)：發(fā)展獨立自主蛋白質(zhì)與核酸結(jié)構(gòu)預(yù)測及設(shè)計軟件，總體預(yù)測精度比國際同期最高水平提升5%以上，蛋白質(zhì)復(fù)合體結(jié)構(gòu)預(yù)測精度比國際同期最高水平提升5%以上?！ ?/p>
研究內(nèi)容：發(fā)展并完善獨立自主的大分子結(jié)構(gòu)預(yù)測及設(shè)計軟件，尤其是針對蛋白質(zhì)側(cè)鏈建模及點突變建模。面向蛋白質(zhì)靜態(tài)結(jié)構(gòu)預(yù)測，開發(fā)獨立自主的算法軟件；開展蛋白質(zhì)側(cè)鏈建模研究，開發(fā)先進(jìn)的蛋白質(zhì)側(cè)鏈建模方法，應(yīng)用擴展到蛋白質(zhì)相互作用、結(jié)構(gòu)設(shè)計及進(jìn)化研究上；發(fā)展蛋白質(zhì)復(fù)合體，尤其是蛋白質(zhì)與核酸復(fù)合體的結(jié)構(gòu)預(yù)測算法，填補國內(nèi)與國際空白；結(jié)合高通量核酸結(jié)構(gòu)檢測方法，開發(fā)核酸靜態(tài)結(jié)構(gòu)及其與不同生物大分子和小分子藥物等在體內(nèi)和體外不同條件下的結(jié)構(gòu)預(yù)測模型和算法。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過500萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向2：蛋白質(zhì)工程通用AI設(shè)計平臺
研究目標(biāo)：構(gòu)建包含特色極限環(huán)境條件標(biāo)注的蛋白數(shù)據(jù)庫，建立蛋白質(zhì)工程通用AI設(shè)計平臺，指導(dǎo)蛋白質(zhì)的改造和優(yōu)化。
研究內(nèi)容：建立具備億級數(shù)據(jù)量且面向極端環(huán)境標(biāo)注蛋白序列的核心壁壘蛋白數(shù)據(jù)庫。通過學(xué)習(xí)蛋白的序列和結(jié)構(gòu)信息，構(gòu)建基于預(yù)訓(xùn)練的通用AI設(shè)計平臺。在10個以上藥用或者工程蛋白上，通過濕實驗驗證所建通用AI模型的能力：利用少于100個蛋白突變體實驗數(shù)據(jù)，就能獲得性能優(yōu)越、滿足應(yīng)用需求的多點位改造工程蛋白。實現(xiàn)三款及以上蛋白的產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過500萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
專題三、重大疾病精準(zhǔn)診療關(guān)鍵技術(shù)
方向1：精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)分析增強計算系統(tǒng)
研究目標(biāo)：建立分析能力自我進(jìn)化和知識自主挖掘的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)增強計算平臺，推理長度、準(zhǔn)確度以及分析效率達(dá)到世界領(lǐng)先，完成不少于10個重要疾病相關(guān)知識的長鏈自動推理驗證。
研究內(nèi)容：圍繞精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)深度分析和智能推理，建立多組學(xué)數(shù)據(jù)分析能力自我進(jìn)化的增強計算系統(tǒng)。研發(fā)知識和數(shù)據(jù)雙驅(qū)動的自主挖掘系統(tǒng)，實現(xiàn)生物醫(yī)學(xué)研究的自主規(guī)劃和實現(xiàn)。以腫瘤等重要疾病為例，進(jìn)行知識長鏈的自主推理和數(shù)據(jù)分析驗證?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向2：智能健康數(shù)字孿生隊列技術(shù)
研究目標(biāo)：發(fā)展數(shù)字孿生模擬技術(shù)，建立超過1萬人的多尺度多模態(tài)數(shù)字孿生隊列，實現(xiàn)疾病發(fā)生發(fā)展的預(yù)防預(yù)警?！ ?/p>
研究內(nèi)容：基于真實世界臨床疾病、健康人群、生物樣本等多模態(tài)數(shù)據(jù)，引入GPT等新型人工智能模型和元宇宙技術(shù)，建立數(shù)字孿生隊列。發(fā)展深度學(xué)習(xí)、因果推理、狀態(tài)空間模型等，基于數(shù)字孿生隊列進(jìn)行癌癥、病毒等高發(fā)、突發(fā)疾病的預(yù)警預(yù)防研究?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向3：疾病隊列多層次數(shù)據(jù)集成共性技術(shù)
研究目標(biāo)：開發(fā)3種以上面向復(fù)雜疾病的多層次數(shù)據(jù)集成分析算法，識別5個以上疾病的亞型關(guān)鍵靶點，在解釋病人預(yù)后等關(guān)鍵臨床指標(biāo)差異方面提升10%以上?！ ?/p>
研究內(nèi)容：針對腫瘤、代謝性疾病、心腦血管疾病等復(fù)雜疾病隊列產(chǎn)生的分子表型、影像表型、臨床表型等跨尺度多層次數(shù)據(jù)，發(fā)展基于前沿統(tǒng)計和人工智能手段的集成分析技術(shù)，構(gòu)建疾病演化的核心軌跡，開展復(fù)雜疾病的精準(zhǔn)分型，并深入揭示不同層次關(guān)鍵表型信號之間相互偶聯(lián)的底層機制，促進(jìn)臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過2個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向4：后全基因組關(guān)聯(lián)分析技術(shù)
研究目標(biāo)：開發(fā)致病位點精細(xì)定位預(yù)測方法，比現(xiàn)有工具可靠性提升至少10%，實現(xiàn)遺傳位點與疾病關(guān)聯(lián)相關(guān)通路、細(xì)胞、組織的預(yù)測，比現(xiàn)有工具可靠性提升至少20%。
研究內(nèi)容：針對復(fù)雜疾病全基因組關(guān)聯(lián)研究發(fā)現(xiàn)的大量風(fēng)險位點，開發(fā)基于多尺度多組學(xué)大數(shù)據(jù)集成的復(fù)雜疾病風(fēng)險位點功能解析平臺。結(jié)合器官組織及單細(xì)胞水平表觀遺傳組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組等數(shù)據(jù)，實現(xiàn)非編碼位點致病機制和協(xié)同作用的解析，預(yù)測精準(zhǔn)性等指標(biāo)超越國際主流方法?！ ?/p>
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
方向5：醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)的生物統(tǒng)計共性算法
研究目標(biāo)：面向精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)，開發(fā)非匹配樣本多組學(xué)整合和驅(qū)動因子鑒定算法，準(zhǔn)確度均達(dá)到世界領(lǐng)先，在統(tǒng)計基礎(chǔ)理論和方法架構(gòu)等層面產(chǎn)出原創(chuàng)新成果。
研究內(nèi)容：突破傳統(tǒng)組學(xué)研究范式，構(gòu)建數(shù)據(jù)降噪大模型，開發(fā)多組學(xué)多模態(tài)對角整合模型和優(yōu)化算法，基于深度學(xué)習(xí)、動力學(xué)模型和因果推理等實現(xiàn)驅(qū)動因子鑒定和標(biāo)志物識別，解決精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)多模態(tài)數(shù)據(jù)匹配樣本缺乏、多變量實驗干預(yù)困難等問題，為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)和疾病早篩提供理論和技術(shù)支撐。
經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元?！ ?/p>
執(zhí)行期限：2023年12月01日至2026年11月30日。
二、申報要求
除滿足前述相應(yīng)條件外，還須遵循以下要求：
1.項目申報單位應(yīng)當(dāng)是注冊在本市的法人或非法人組織，具有組織項目實施的相應(yīng)能力?！ ?/p>
2.研究內(nèi)容已經(jīng)獲得財政資金支持的，不得重復(fù)申報?！ ?/p>
3.所有申報單位和項目參與人應(yīng)遵守科研倫理準(zhǔn)則，遵守人類遺傳資源管理相關(guān)法規(guī)和病原微生物實驗室生物安全管理相關(guān)規(guī)定，符合科研誠信管理要求。項目負(fù)責(zé)人應(yīng)承諾所提交材料真實性，申報單位應(yīng)當(dāng)對申請人的申請資格負(fù)責(zé)，并對申請材料的真實性和完整性進(jìn)行審核，不得提交有涉密內(nèi)容的項目申請?！ ?/p>
4.申報項目若提出回避專家申請的，須在提交項目可行性方案的同時，上傳由申報單位出具公函提出回避專家名單與理由?！ ?/p>
5.已作為項目負(fù)責(zé)人承擔(dān)市科委科技計劃在研項目2項及以上者，不得作為項目負(fù)責(zé)人申報。
6.項目經(jīng)費預(yù)算編制應(yīng)當(dāng)真實、合理，符合市科委科技計劃項目經(jīng)費管理的有關(guān)要求。
7.各研究方向同一法人單位限報2項?！ ?/p>
8.獲資助的項目負(fù)責(zé)人及其所在單位應(yīng)承諾將項目所產(chǎn)生的研究成果和數(shù)據(jù)資料等報送市科委
三、申報方式
我院擬申報者請于9月12日周二前將申報信息發(fā)送科研處郵箱[email protected],格式如下：申請人-工號-擬申報-專題-方向-項目名稱。如超過申報限額，另行通知于9月18日周一前提交可行性方案進(jìn)行院內(nèi)評審；如未超過限額，另行通知按以下要求正式申報。
1.項目申報采用網(wǎng)上申報方式，無需送交紙質(zhì)材料。申請人通過“中國上?！遍T戶網(wǎng)站（http://www.sh.gov.cn）--政務(wù)服務(wù)--點擊“上海市財政科技投入信息管理平臺”進(jìn)入申報頁面，或者直接通過域名https://czkj.sheic.org.cn/進(jìn)入申報頁面：
【初次填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄（如尚未注冊賬號，請先轉(zhuǎn)入“一網(wǎng)通辦”注冊賬號頁面完成注冊），進(jìn)入申報指南頁面，點擊相應(yīng)的指南專題，進(jìn)行項目申報；
【繼續(xù)填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄后，繼續(xù)該項目的填報。有關(guān)操作可參閱在線幫助?！ ?/p>
2.項目網(wǎng)上填報截止時間為2023年09月25日。
四、評審方式
采用第一輪通訊評審、第二輪見面會評審方式?！ ?/p>
五、立項公示
上海市科委將向社會公示擬立項項目清單，接受公眾異議?！ ?/p>
六、咨詢電話
服務(wù)熱線：021-12345、8008205114（座機）、4008205114（手機）
復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院科研處
王翔宇697552612167
2023年8月30日